过去，已知的扁桃体癌风险因素是年龄较大和使用烟草或酒精。既吸烟又酗酒的人患咽喉癌的几率增加一倍。

这些仍然是风险因素，但最近更多不吸烟或不饮酒的年轻人患上扁桃体癌，以及喉咙或头颈部的其他癌症。这联系似乎是人乳头瘤病毒（HPV）。HPV是一种与性接触相关的常见病毒。由 HPV 引起的扁桃体癌是一种鳞状细胞癌。

与所有癌症一样，扁桃体癌是由多种因素共同引起的，包括您的遗传、行为和环境。