对于医生和患者而言，FNA相对于开放式活组织检查具有若干优点。可以在有或没有图像引导的情况下执行FNA。可以用超声或CT进行图像引导的组织取样。即使使用超声波引导，FNA也可以在最短的设置时间内快速完成。CT引导的FNA更耗时，但可用于深部目标（咀嚼者空间，腮腺深叶，翼腭窝）。如果使用静脉注射造影剂，CT引导的FNA可能需要评估肾功能。超声引导的FNA在儿科人群中也可能更有利，其中对电离辐射暴露的关注更高。美国甲状腺协会建议超声引导FNA结节，具有更高的非诊断细胞学可能性（> 

与开放式活检相比，FNA对患者及其家属更方便。该程序只需要办公室访问，工作时间损失最小。另一方面，切除活检通常需要休假，术前血液检查，以及放射线和心脏检查。此外，手术使患者暴露于麻醉，术后感染和肿瘤播种的可能性（见下文）。一定比例的患者可能需要在医院过夜，并且需要额外的工作时间。

开放式活检可能会干扰进一步的治疗。放置不当的活检切口可能使随后的颈部解剖或切除困难。1991年，Birchall及其同事证明，接受大规模切除活检的10名患者中有6名出现了与活组织检查相关的并发症。 这些并发症包括后期肿瘤切除的折衷，切除额外皮肤和邻近软组织的必要性，以及手术后颈部伤口的局部复发。

在当今的经济环境中，节省成本是医学中的一个重要考虑因素。办公室的FNA费用从75美元到350美元不等，取决于研究来源以及病理费是否包括在内。相比之下，切除活组织检查的费用从1200美元到2500美元不等。如果需要住院，费用甚至更高。