超声扫描中使用的声波没有已知的风险。与其他一些扫描（例如CT扫描）不同，超声扫描不涉及  辐射。

外部和内部超声波扫描没有任何副作用，通常无痛，尽管当将探头压在皮肤上或插入体内时您可能会感到不适。

如果您正在进行内部扫描并对乳胶过敏，请务必让进行超声扫描的超声医师或医生知道这一点，这样他们就可以使用无乳胶的探头套。

内窥镜超声检查可能会更不舒服，并可能引起暂时的副作用，例如喉咙痛或腹胀。

还有较小的风险发生更严重的并发症，例如内部出血。