慢性钙化性胰腺炎总是与酒精中毒有关。最早的发现是在胰管中沉淀出蛋白质物质，形成蛋白质栓塞，随后钙化。导管和小叶最初以随机方式参与，并且它们被正常的实质组织包围。然而，随着疾病的进展，这些正常区域变得更加分散。胰腺导管上皮在蛋白质栓塞部位经历萎缩，增生和化生。许多小胰腺小管扩张，而其他小的纤维化则消失。

由于交替的狭窄和扩张，主胰管显示出湖链外观。在大约50％的慢性钙化性胰腺炎患者中，胰腺实质包含不同大小的囊肿（几毫米至5厘米）。这些囊肿由立方形上皮排列并含有胰酶。胰周纤维化通常是涉及门静脉和/或脾静脉的晚期发现。胰周纤维化导致腹膜后淋巴管狭窄或闭塞。腹水可能使1-2％患者的门静脉高压或淋巴阻塞导致慢性钙化性胰腺炎并发症。