虽然现有的柔性内窥镜技术使操作员能够执行一些NOTES程序，但它仍然有限。最终目标仍然是设计和生产多通道的柔性内窥镜或NOTES平台，可以在两个以上的轴上弯曲，但是一旦达到正确的操作位置也可以稳定，以便执行所需的程序。目前，操作人员使用设计相对较差的手工人体工程学来操纵仪器，这些将需要进一步完善NOTES。

一旦达到，就应该保持一个坚固的平台，以便允许操作至少两个器械进行安全的手术切除。然而，仪器和现有附件还不够坚固，无法用于解剖，收缩和三角测量所需的力。一些机器人仪器存在协同作用，机器人控制将在未来仪器的设计和使用中发挥作用。

仪器的另一个挑战涉及不良的空间定位。该因素取决于操作者的经验，被解剖的区域和存在的视觉线索。操作员体验和培训对于安全交付NOTES至关重要。没有进行大量内窥镜检查的外科医生可能不太熟悉腔内内窥镜观察，特别是在翻转期间。同样，经验丰富的胃肠病学家可能比腹腔镜外科医生更容易发现腹膜内观察，三角测量或空间定向。