与任何外科手术一样，可能出现并发症，但由于薄针抽吸活组织检查引起的主要并发症相当罕见，并且当出现并发症时，它们通常是轻微的。并发症的种类和严重程度取决于从中进行活组织检查的器官或器官通过以获得细胞。

手术后，使用温和镇痛药来控制术后疼痛。手术后48小时内不应服用阿司匹林或阿司匹林替代品（除非阿司匹林用于心脏或神经疾病）。由于在整个手术过程中保持无菌，因此感染很少见。但如果感染发生，它将用抗生素治疗。出血是该手术最常见的并发症。也可能出现轻微瘀伤。如果进行了肺部或肾脏活检，在痰或尿液中观察到少量血液是很常见的手术后。只会发生少量出血。在手术后的观察期间，出血应随时间减少。如果出现更多出血，将对其进行监测，直至其消退。很少需要大手术来止血。

其他并发症取决于活检发生的身体部位：

肺活检常常并发气胸（肺塌陷）。这种并发症还可以伴随肺底部上腹部的活组织检查。大约四分之一到一半的肺活检患者会发生气胸。通常，崩溃程度很小，并且无需处理即可自行解决。一小部分患者会发生严重到足以需要住院治疗并放置胸管进行治疗的气胸。虽然不可能预测这种情况会发生在谁身上，但是在患有严重肺气肿的患者和难以进行活组织检查的患者中，肺部塌陷更为频繁且更严重。

对于肝活检，胆汁可能发生泄漏，但这些都是相当罕见的。

在胰腺周围区域进行活组织检查后可能发生胰腺炎（胰腺炎症）。

在乳房区域的活组织检查中，可能会出现出血和瘀伤，也很少发生感染（很少）或（非常罕见，只有在胸壁附近进行）气胸。

针吸活检活检报告死亡，但这种结果极为罕见。