在大多数内窥镜手术过程中可能会出现短暂的菌血症，但感染性并发症（包括心内膜炎）的风险很低。

当患有感染性并发症的潜在高风险病症（例如，假体心脏瓣膜或心内膜炎病史）的患者经历高风险内窥镜手术（例如，狭窄扩张，静脉曲张硬化治疗或内窥镜逆行）时，明确建议使用抗生素预防。胰胆管造影  [ERCP]）在胆管阻塞的情况下。所有接受经皮内镜下胃造口术（PEG）放置的患者应接受抗生素预防软组织感染; 该方案通常包括静脉注射头孢唑啉1g（IV）。

应仔细审查患者的病情和手术的性质，并应对个体化抗生素预防的决定。可接受的预防方案是在手术前30分钟以2g胃肠外氨苄青霉素和1.5mg / kg（至多80mg）的庆大霉素。在对青霉素过敏的患者中，万古霉素1g IV代替青霉素。