由于支架阻塞导致的复发性黄疸或胆管炎是胆道支架术的主要限制。阻塞的主要原因是支架内腔中的胆汁污泥和组织增生，这需要每2-3个月进行一次移除和更换，有时需要更频繁地移除和更换。在恶性疾病的情况下，肿瘤通过支架向内生长以及近端和远端肿瘤过度生长也可引起阻塞。

正在研究覆盖支架以克服肿瘤向内生长的问题。两项关于用膨体聚四氟乙烯 - 氟化乙烯丙烯（ePTFE-FEP）覆盖的支架的研究报告，12个月的通畅率高于75％。

在一项多中心回顾性研究中，对连续315例远端恶性胆管狭窄的患者进行ERCP并放置（a）完全覆盖的自膨式金属支架，（b）未覆盖的自膨式金属支架，或（c）塑料支架作为一线治疗，Sampaziotis等人发现完全覆盖的金属支架比其他任何一种类型的专利都更长，并且引起的并发症更少，尽管它们与未覆盖的金属支架相比也有更高的胰腺炎发生率。

Sugawara等报道，对于经过Vater乳头经皮置入金属胆管支架治疗恶性胆管狭窄的患者，急性胰腺炎的发生率为24.2％，需要进行药物治疗。