预防与肠吻合术相关的并发症的一个重要组成部分是术前患者医疗状况的完整优化，包括通过营养支持纠正营养不良和治疗相关的全身性疾病。然而，这通常仅在选择性切除时可能，而不是在紧急情况下。

上面列出的最佳实践也可以帮助预防并发症。

在手术过程中预防体温过低和血容量不足非常重要，尤其是儿童。热床垫应该用于体温调节，特别是对于新生儿。应尽量减少液体流失，并应充分更换任何流失的液体。应安排充足的血液供应。