内窥镜碎石术包括超声波，电动液压（EHL）和机械装置，以及各种激光器。这些器械穿过内窥镜的工作通道，将碎石碎成可萃取的碎片。在碎石术期间使用篮子和抓紧器来固定宝石并去除碎石。

超声碎石术

最初使用超声碎石术。这种方式需要刚性内窥镜，并且通常通过经皮肾入路使用。输尿管镜检查不太有用。

电液压碎石术

EHL探头通过2个同轴电极提供能量。点火会产生一个小的高温火花，将少量的水蒸发成气泡。气泡周向膨胀。功率与探头直径成正比。EHL碎石术的缺点包括其破坏邻近组织，产生大片段的可能性，偶尔也不能破碎最硬的结石，包括草酸钙一水合物。

机械碎石术

气动机械装置，例如Lithoclast，是小型内窥镜风炮，在通过直内窥镜工作通道时效果最佳。通过可重复使用的不锈钢探头，Lithoclast可以通过刚性或半刚性内窥镜使用。Lithoclast是一种有效且经济的碎石碎片，对于管理大块和坚硬的石头特别有用。它通常用于大型肾结石（经皮）和远端输尿管结石（输尿管镜检查）。

激光碎石术

激光碎石术最早是在20世纪80年代后期用脉冲染料激光器商业引入的，脉冲染料激光器使用通过光学石英纤维传递的504nm光。这是一种非热安全激光器，它在光纤尖端和微积分之间产生等离子体，碎石具有光声效应。小型柔性探针补充了半刚性和柔性输尿管镜，可以破坏大多数尿路结石，不包括胱氨酸。然而，这不是固态激光器，它需要经常维护，包括改变香豆素染料。光纤尖端的可用能量与光纤直径成正比。200-μm纤维允许最大的内窥镜偏转但是仅能提供80mJ的能量，这通常不足以破碎草酸钙一水合物结石。

推进激光技术已经开发出钬：YAG（钇铝石榴石）激光器，它是一种使用2150nm波长光的热激光器。能量通过低水密度石英纤维以脉冲方式传递。约翰逊研究了这种激光器的软组织效应，发现这种激光器在水基介质中的热效应受限于由于在光纤尖端形成的汽化气泡。 1995年，Matsuoka等人首次提出了这种波长的内镜下碎石术临床系列，并发现它可以安全有效地治疗输尿管结石。与香豆素脉冲染料激光相反，钬激光碎石产生较小的碎片，其可以部分地在治疗期间从收集系统灌注。

这是钬激光纤维碎片化石头负荷的内窥镜图像。

钬激光器尖端的可用能量不依赖于光纤的直径。已经描述了通过用互补内窥镜改变纤维直径来提高治疗效率的技术。这些技术涉及较大的纤维，增加了刚度，这降低了内窥镜的灵活性。