TEM可用作直肠息肉的治疗手术，不适合结肠镜切除术。 此外，它可用于选定的直肠癌患者。以下适应症已建议用各种外科学会，包括结肠的美国社会和直肠外科医师（ASCRS）：

病变小于3厘米; 然而，Khoury等人的一项研究报告使用TEM治疗5-8 cm范围内的良性直肠病变 

移动病变

息肉样病变

局限于肠壁的解剖学上可见的病变（T1N0）

病变局限于直肠的腹膜外区域

病变占肠管周长的40％以下; 然而，已报道使用TEM治疗巨大圆周直肠腺瘤 

分化良好或中度分化的病变

病变与淋巴血管侵犯无关

还报道了通过TEM管理直肠阴道瘘管和吻合口裂开管理。

TEM已经成为良性腺瘤接受的程序和潜在地可用于直肠的早期癌。

据报道用TEM治疗的腺瘤复发率低。 

不建议用TEM明确治疗T2或T3直肠病变。

使用透射电镜作为晚期直肠病变的姑息性手术对于患有共病症和播散性疾病且不适合进行更彻底的手术的患者也是可接受的。