除了与一般手术相关的 那些以外，关节镜手术几乎没有绝对禁忌症。

如果关节周围有局部软组织感染，应推迟关节镜手术。如果血液循环不良可能会阻碍愈合（特别是在下肢），通常也避免使用关节镜手术。

关节镜检查的一个绝对禁忌症是严重的退行性关节疾病，例如晚期骨关节炎，其中关节软骨完全剥落（剥离）。在这种情况下，与开放手术相比，使用关节镜检查可能弊大于利。

如果关节空间过度缩小超出预期限制，则有必要担心类似的问题。需要根据具体情况权衡关节镜手术与开放手术的适当性。