PEG管放置的绝对禁忌症包括：

未矫正的凝血功能障碍或 血小板减少症

严重的 腹水

血流动力学不稳定

脓血症

腹腔穿孔

活动性 腹膜炎

在选定的放置位置进行腹壁感染

胃出口阻塞（如果PEG管放置用于喂食）

严重的胃轻瘫（如果PEG管被放置用于喂食）

全胃切除术的历史

缺乏对程序的知情同意

PEG管放置的相对禁忌症包括：

存在口咽或食道恶性肿瘤（PEG通道接种的潜在风险）

肝肿大

食管恶性肿瘤，需要使用胃作为确定性食管切除后重建的导管  

脾肿大

门静脉高压伴胃静脉曲张

先前腹部外科手术的历史（可能存在粘连和肠道插入）

腹疝

腹膜透析

部分胃切除术的 历史

关于脑室腹腔分流术（VPS）的放置是否构成PEG的禁忌症的观点各不相同。Oterdoom等人的系统综述得出结论，将VPS与PEG管一起放置与高但可接受的分流并发症发生率相关，因此分流插入不应被视为PEG的禁忌症。 他们建议PEG管应放在VPS之后但不能最终建立最佳间隔。