内窥镜手术包括囊肿开窗术，肿瘤活检，肿瘤切除和转移性疾病评估。出现脑积水的鞍上或四肢蛛网膜囊肿是内镜下开窗术的良好候选者。大多数患有脑室内囊肿或肿瘤的患者伴有脑积水。这使得内窥镜手术是特别有利的，因为同时的程序可以同时为CSF转移和肿瘤管理进行。内镜下肿瘤活检是一种成熟的脑室内脑肿瘤方法。它具有高诊断率（> 90％）和低风险（<3.5％）。生殖细胞肿瘤，浸润性下丘脑/视神经通路胶质瘤和朗格汉斯细胞组织细胞增生症可通过内镜活检来解决。内窥镜移除适用于胶质囊肿或在室管膜表面也有蒂的肿瘤。胶体囊肿切除内镜通过在大多数情况下，侧脑室技术上是可行的，除非囊肿很大，这增加了在室间孔静脉损伤的风险。经心室内镜下肿瘤囊肿减压可暂时或永久缓解阻塞性脑积水或视力丧失。它可用于颅咽管瘤，下丘脑/交叉星形细胞瘤和鞍上或松果体生殖细胞肿瘤的患者。由于兼容的内窥镜仪器的不足和有限的出血控制，实体肿瘤的总去除受到限制。内窥镜肿瘤摘除的成功取决于肿瘤的大小，密度和血管。位于sylvian裂隙或半球间裂隙和后颅窝的室外蛛网膜囊肿可采用内镜手术治疗。内窥镜开窗术可以安全地从囊肿内部进入周围的蛛网膜下腔。