食管胃断流术的特点是术后并发症的子集。

据报道，横断部位的食管狭窄的频率范围为2％至28％。食管胃十二指肠镜（EGD）应为必要的狭窄形成和扩张，评价进行3-4周后。

报道的门静脉血栓形成发生率在1％至6.3％之间。然而，实际发生率可能更高，因为这个范围法定报告通常仅包括有症状的患者。已报道门静脉直径大于13.5 mm且有上胃出血史是术后发生静脉血栓形成的独立危险因素。

据报道，食管瘘或泄漏的发生率约为6-7％。当报道时，临床泄漏的治疗通常涉及引流单独。

Sugiura和Futagawa报告的再出血率最低，为1.5％。在其余文献中，再出血率差异很大，从6％到32％不等，随访时间也是如此。马里埃特等报道在5年随访24％的再出血率。