对于有明显甲状腺炎史，曾接受过颈部手术或放射治疗或疑似恶性肿瘤的患者，禁用经口甲状旁腺切除术。在对甲状腺切除术的这种方法的描述中，Anuwong还包括牙齿矫正器的存在作为禁忌症。

其他相对禁忌症是存在大的甲状腺结节或甲状腺明显增大。在一项研究中，如果在术前成像或甲状腺直径大于10 cm 时发现大于6 cm的甲状腺结节，则排除患者。虽然在目前的报告中没有明确提及，但需要考虑的其他相对禁忌症包括肥胖和无法实现足够的颈部伸展（例如，来自之前的颈椎损伤或固定）。

鉴于这种手术技术仍处于早期发展阶段，未来可能会出现额外的禁忌症。传统甲状旁腺切除术的禁忌症仍然适用。