结肠镜检查的风险，由于结肠镜检查是常规手术，因此该检查通常几乎没有持久效果。在绝大多数情况下，检测问题和开始治疗的益处远大于结肠镜检查并发症的风险。

但是，一些罕见的并发症包括：

如果进行活组织检查，则从活检部位出血

对镇静剂的反应

直肠壁或结肠撕裂