粘膜消融技术是破坏胃肠道表面衬里或“粘膜”的方法。这通常在粘膜出血或需要治疗的癌前病变时进行。一旦表面的患病粘膜层被破坏，一个新的健康层就会再生。例如，一些患者因前列腺癌的放射治疗对结肠有损伤，结肠内层有慢性出血。衬里可以被烧蚀或破坏，并在其位置上重新生长衬里。粘膜消融相当令人感兴趣的一个领域是Barrett食管，这是食管内层的变化，有时在慢性胃酸反流病患者中发现。患有Barrett食管的人患食道癌的风险增加，所以他们定期进行内窥镜检查以对这种内层进行活检，并寻找癌前病变的进展。如果发现晚期癌前病变，则发生食道癌的风险要高得多，可以考虑消除Barrett食管的治疗。

有许多装置可用于消融粘膜，特定器械的选择取决于所治疗的区域以及内窥镜医师的经验。这些装置包括导管或探针，当探针接触衬里时，导管或探针穿过内窥镜并通过电或热燃烧胃肠道衬里。另一导管通过惰性氩气导电，使得导管实际上不必接触粘膜。这种称为氩等离子体凝固的技术有助于医生立即治疗更大的区域。冷冻疗法是一种在组织上喷洒冷物质（通常是液氮）的方法。当组织冻结时，它会死亡并脱落，从而使新的健康组织重新生长。冷冻疗法已经在身体的其他部位使用了很多年（例如，

另一种新的粘膜消融方法，称为射频消融，引起了人们的极大兴趣。已经开发了一种专门用于消融Barrett食管的射频装置。这是一个通过导丝的圆柱形气球。一旦就位，它就会膨胀，使气囊壁与癌前胃肠粘膜接触。医生按压脚踏板并且在球囊的整个表面区域上传递射频能量。能量的输送大约需要一秒钟，并导致食道衬里非常浅表烧伤。一旦Barrett的组织脱落，一个新的，健康的食道衬里会重新生长。有一个较小的，矩形射频仪器，可用于“修补”可能遗漏小块巴雷特食管的地方。已经完成的研究表明，这种消融Barrett食管的方法安全，有效且易于使用。