虽然并发症并不常见，但最常见的并发症包括撕裂，咳嗽，以及较少发生粘膜损伤继发的鼻出血（直径较小的范围可以帮助缓解这一问题）。

如前所述，血管收缩剂可在喉镜检查之前使用，以尽量减少轻微创伤和出血。

如果相机被遮挡或示波器面临阻力，则不应使用增加的力。

残留的异物感，短暂的喉痉挛和血管迷走性晕厥也是潜在的并发症。

喉痉挛是罕见的，发病率约为1％，并且通常是自限性的，但可导致去饱和和暂时性气道阻塞。喉痉挛被认为是通过将传入纤维激发到喉部而引起的，并且可以通过下颌推力和气道正压来缓解，直到消退或确定治疗为止。 

虽然现有的研究表明喉镜检查在去除异物方面取得了很大的成功，这些结果是在经验丰富的操作者手中实现的。那些不经常使用这种技术的人应该意识到进一步影响异物和加重气道阻塞的潜在危险。因此，应该提供在主要气道丢失时建立备用气道所需的设备和人员。

对于刚性喉镜检查，解剖结构的损伤更常见，鼻咽镜检查很少见。