禁忌症包括怀疑淋巴结或远处转移的存在或高指数（见技术考虑因素）。

非提升标志，定义为病变下粘膜下注射后病变在周围粘膜上方升高失败，已被确定为结肠病变粘膜下侵犯的高度准确和特异性预测因子。  对于具有非提升征象和残留或复发病变的粘膜病变，ESD通常可以切除那些EMR通常很难并且需要进行整块切除的病变。

在EMR之前对病变进行活组织检查可能由于活检部位的纤维化而导致假阳性结果。由于粘膜活检的结果不太可能改变治疗算法，因此应避免在转诊EMR之前进行活检。如果进行活组织检查，活组织检查和EMR之间的时间间隔最小化可能有助于减少假阳性结果。

鉴于出血风险，凝血病的存在是相对禁忌症。适用于标准内窥镜检查的任何禁忌症（例如，严重的心肺合并症）也适用于EMR。