胶囊内窥镜检查的禁忌症包括：

吞咽障碍

小肠梗阻

小肠狭窄

糖尿病患者或腹部大手术史需谨慎考虑。小型研究调查了心脏起搏器和植入式心脏除颤器患者的胶囊内镜检查的安全性。

在胶囊排出之前，患者不应进行MRI检查。 

虽然文献中包含一些积极的病例报告，但胶囊内镜在儿科人群中的安全性和有效性仍有待确定。 西班牙学会儿科胃肠，肝病，和营养和西班牙学会消化系统疾病已经开发了在儿童和青少年中使用无线胶囊内窥镜检查的一个准则。

Urgesi等人的一项研究发现胶囊内镜适用于70岁以上的患者。