胶囊内窥镜检查的成本效益及其对结果的影响仍有待最终确定。

法国的一项随访研究评估了92名接受胶囊内镜检查的各种适应症患者，发现在1年时，阳性和阴性预测值分别为100％和94％。 该小组得出结论，胶囊内窥镜检查可能成为阴性上下内镜检查研究后使用的第一个诊断工具。此外，具有如此高的阴性预测值，阴性胶囊研究通常应足以指导工作远离寻找小肠病理。

在日本和意大利，胶囊内窥镜检查对于不明原因的胃肠道出血的研究支持胶囊内窥镜检查作为一种经济有效的工具。一项有前景的初步研究将胶囊内窥镜检查与推进式小肠镜检查结果进行比较，发现胶囊内镜检查在诊断能力和阴性预测值方面是一种更有效的一线检测。 

在不明显的胃肠道出血中，推进肠镜检查可以在那些能够有效成像的区域提供活检和内镜治疗的能力。这种相对益处必须与先前对胃肠道出血评估为阴性的患者进行平衡，胶囊内镜检查在发现异常方面更有效，但不能立即进行干预。在肠易激综合征中，胶囊内窥镜检查提供有关肉眼可见病变的信息，但不允许对组织进行组织学检查。

胶囊内窥镜检查提供了比传统钡剂研究更多的信息，但可能在IBD患者中存在胶囊滞留的风险并且使疾病变得狭窄。未来的研究也可能定义了儿童胶囊内镜的使用。 胶囊内窥镜也可起到在食管的病症（例如，Barrett食管）的评价的作用， 作为替代上部内窥镜检查用于上胃肠道出血，并且在门脉高压和食管静脉曲张评价。