以下是柔性乙状结肠镜检查的常用指征：

筛查结肠直肠癌  -尽管当施加作为筛选工具，以减少死亡率由于结肠直肠癌乙状结肠镜和粪便潜血试验是可比较的，很少有证据表明与两种方法筛查比其他人更能减少结肠直肠癌的死亡

肛肠手术前的术前评估

在直肠或乙状结肠中监测先前诊断（治疗或未治疗）的恶性肿瘤（或伴有高度不典型增生的息肉）

局部治疗疾病，如放射性直肠炎

去除直肠异物

直肠和乙状结肠中胃肠（GI）病理的活组织检查

治疗程序的执行，例如腔内支架置入狭窄，球囊扩张和减压放置减压管，但常规结肠镜常用

Hematochezia需要止血