EGD的禁忌症包括：

可能的穿孔

医学不稳定的患者

不情愿的病人

抗凝，咽憩室或头颈部手术（相对禁忌症）

诊断性EGD被认为是抗凝血剂患者出血的低风险程序，因此可以在手术前不进行抗凝剂调整。  然而，如果考虑或可以想象息肉切除术，那么应该对患者的凝血特征进行标准化。患有严重凝血异常的患者也可能存在咽后血肿的风险。

某些治疗程序（即扩张，经皮内镜下胃造口术[PEG]，息肉切除术，内镜下括约肌切开术，EUS引导下的细针穿刺[FNA]，激光消融和凝固）被认为是出血的高风险程序，以及抗凝治疗的调整可能是必要的。