腹腔镜Nissen胃底折叠术后的并发症与等效开放手术后的并发症相似。

腹腔镜Nissen胃底折叠术后的死亡率极为罕见。手术后，患者通常会出现腹部饱胀，轻度吞咽困难，甚至餐后不适。这些症状与胃底折叠术中的水肿形成一致。这通常会在2-6周内解决。大多数外科医生在术后使用液体饮食来帮助患有这种常见的短暂性吞咽困难的患者。可能发生气胸或手术性肺气肿，并且可能与过度的裂孔剥离有关。

如果术后即刻出现严重的术后疼痛，顽固性呕吐，发热，心动过速或白细胞增多，则应怀疑食管或胃部穿孔。胃底折叠的中断也可能导致类似的症状。急性食管疝是一种罕见的并发症。应立即获得上消化道（GI）系列。

周围结构（例如，迷走神经，脾脏或其他腹部内脏）的损伤是可能的。还描述了出血，肠梗阻，尿潴留，伤口感染和裂开。