经支气管活检用于肿瘤疾病，疑似结节病或过敏性肺炎，间质性肺病，肺部感染，肺部疾病异常和不明确以及肺移植。

经支气管活检通常用于确定肺结节和肿块的病因。当结节大于2cm时，当在胸部CT上发现导致结节的支气管存在（支气管阳性体征）时，以及当组织被重复采样时，其诊断准确性增加。经支气管肺泡癌和淋巴管扩散的经支气管活检的产率也很高。

通过在专用的低剂量方案中将柔性支气管镜检查与CT引导相结合，可以显着提高该手术的诊断率（至73％）。 在另一项研究中，多层螺旋CT引导下经支气管活检对孤立性肺结节的敏感性为62.2％，而透视引导下为52.6％。 然而，这种技术不具有成本效益，并且没有经常使用。

经支气管活检对于异常肺部疾病（例如常见的间质性肺炎）可能不可靠。 但是，它具有用于结节病高诊断率：灵敏度范围为50％至85％的在阶段1疾病和较高如果实质参与。至少需要4-6次活检才能最佳诊断结节病。经  支气管活检在诊断肺泡蛋白沉积症，朗格汉斯细胞组织细胞增生症，嗜酸性粒细胞性肺炎，类脂肺炎，药物性肺炎和各种肺病方面也具有高度敏感性  。

经支气管活检适用于免疫功能低下患者的肺部感染诊断。虽然大多数肺部感染可通过支气管肺泡灌洗来诊断，但经支气管活检可提高诊断率并排除非传染性原因。特别是，经支气管活组织检查增加了 癌症患者，骨髓移植受者和接受免疫抑制药物的患者的肺孢子虫（卡氏肺孢子虫）肺炎的诊断率  。

经支气管活检用于肺移植中同种异体移植排斥的诊断  。

EBUS引导的针吸引越来越多地用于诊断结节病。Cryobiopsy用于间质性肺病（例如，疑似肺纤维化）。Ussavarungsi等人的回顾性分析发现经支气管冷冻活检在弥漫性实质性肺病的情况下具有51％的诊断率。