经支气管活检的主要并发症是气胸和出血。

经历经支气管活检的患者中1-6％发生气胸。一项对350例病例的前瞻性研究显示，手术后胸片不是常规必需的并且气胸的大小与症状相关。气胸很罕见，但可能需要猪尾导管进行再扩张。

轻微出血，用支气管镜观察通常是成功的。避免在活组织检查区域附近抽吸，以免吸走血液凝块。这种类型的出血通常是自限性的。

大量肺出血可能发展成灾难。在2-9％的患者中观察到显着的出血。出血风险是获得更多或更大活检样本的主要限制因素。通常用于控制程序性出血的技术之一是楔形技术，首先由Zavala在1976年描述。 在该技术中，将支气管镜楔入适当的节段性支气管中，并连续抽吸血液以避免污染。

另一种策略涉及从感兴趣的节段移除支气管镜并抽吸血液以维持呼吸道通畅。控制出血的其他选择包括给予冰镇盐水，滴注20mL 1：20,000肾上腺素，使患者放置肺部出血，最后放置支气管阻滞剂。

钕：钇铝石榴石（Nd：YAG）激光器，尤其是氩等离子体凝固（例如，27J，0.5流量）可用于止血。

通过单腔插管和支气管球囊阻滞器定位出血肺可能非常有帮助。避免双腔插管; 在紧急情况下难以插入，并且腔室通常太小而无法有效抽吸。

已报道的罕见并发症包括纵隔和皮下气肿。