目前，关于MIE的使用没有标准化的禁忌症。然而，T4病变（周围组织的侵入）通常不适合任何形式的手术切除。广泛的淋巴结疾病和转移性疾病也是晚期阶段，可能需要采用开放手术方法或甚至内镜支架进行姑息治疗，而不是尝试MIE。此外，任何患有桥接食管胃交界处的病变的患者可能不被认为是该方法的候选者，除非可以清除胃边缘并且可以通过开放途径或微创进行食管胃切除术。

与其他腹腔镜手术一样，在腹部或胸壁上有广泛粘连和瘢痕组织的患者，特别是在放置胸腔镜或腹腔镜的区域，是MIE治疗的高风险组。老年患者和患有合并症的患者不适合手术，因为MIE或标准手术的发病率很高，但他们可能从非手术治疗中获益更多。