对闭合PDA的禁忌症相对较少。修复的主要禁忌症是严重的肺血管疾病。如果PDA的短暂术中闭塞不会降低肺动脉压升高随后主动脉压升高，则必须仔细进行闭合并且可能是禁忌的。闭合导管不能逆转先前存在的肺血管疾病。

相关心脏异常的一个子集 - 所谓的导管依赖性病变 - 取决于通过PDA的流量以维持全身血流。过早关闭导管而不同时修复以下缺陷是禁忌的，可能是致命的：

肺动脉发育不全

肺闭锁

三尖瓣闭锁

转移大动脉

主动脉瓣闭锁

二尖瓣闭锁伴左心室发育不全

严重的主动脉缩窄

在这些患者中，应尽一切努力保持导管流动，直到可以构建更永久的姑息性分流器或进行最终的修复。

导管闭合的禁忌目前涉及患者的大小。非常小的早产儿仍然需要手术闭合。手术闭合的禁忌症包括并发的不受控制的败血症和患者无法耐受全身麻醉。