面对人体内部的感染与炎症，内窥镜提供了直达战场的观察窗，让医生能够直视病原体或炎症反应留下的独特痕迹，这是血液检查或影像学难以替代的。在消化内科，当怀疑艰难梭菌感染或巨细胞病毒感染时，结肠镜下可见特征性的伪膜性改变或溃疡，此时进行针对性活检，病理检查可找到病原体或包涵体。对于怀疑结核的腹腔或肠道病变，内镜下可见典型的环形溃疡或增生性结节，活检组织既可送病理找肉芽肿，也可送微生物培养明确诊断。在呼吸系统，支气管镜能够直接获取深部的痰液或灌洗液，进行病原学涂片、培养乃至宏基因组测序，精确锁定细菌、真菌或病毒。此外，内镜下黏膜的直观形态对于炎症性肠病的诊断与评估至关重要：溃疡性结肠炎的黏膜表现为从直肠开始的连续性、弥漫性糜烂溃疡；克罗恩病则可能表现为跳跃性的纵行溃疡、鹅卵石样改变。直视下的活检，能获取最确切的病理分期与分级。内窥镜将宏观形态与微观病理紧密结合，在感染与炎症这个微观战场上，提供了最直接的侦查与取证手段。