如果患者的一般状况包括严重疾病会严重增加围手术期风险或缩短预期寿命，则CEA是禁忌的。对于急性发生严重中风的患者或经历严重破坏性卒中且恢复最小或意识水平显着改变的患者，也禁忌使用。

传统的教学方法是急性闭塞的颈动脉急诊CEA可能将缺血性脑梗塞转变为出血性梗塞，可能导致死亡。当患者在进行选择性CEA之前达到最佳恢复时，操作的时间被认为是最佳的。然而，一些关于急性非出血性卒中患者早期干预改善神经系统结果的报道已经出现。仔细选择患者至关重要。

在对血液透析患者CEA术后围手术期和远期疗效的研究中，Cooper等发现CEA在无症状透析依赖患者中的风险很高，可能超过了益处。他们还发现有症状的患者存在高风险，并建议只应向这些患者的一小部分精心挑选的患者提供。