膀胱造影术最常见的并发症是术后排尿困难和会阴部不适，通常归因于导尿而不是造影剂。这种不适通常是暂时的; 如果事先警告患者可能会发生这种情况，那么如果患者患病，他们就不太可能变得焦虑。

膀胱造影术后尿路感染（UTIs）也更常见。谨慎的无菌技术和明智地使用抗生素预防可以帮助降低其发病率。

在尿动力学评估期间，患者还可能经历血管迷走神经反应或晕厥。在大多数情况下，停止膀胱充盈并允许患者躺下一段时间将允许恢复研究。

自主神经反射异常是一种潜在的危及生命的并发症。一旦确定，立即排空膀胱并取出导管并停止研究。开放式尿道导尿设置可立即进入，这将有所帮助。如果血压保持升高，可以给予具有快速起效和短作用持续时间的抗高血压剂（例如，硝苯地平或硝酸盐），并监测血压。

已经报道了对通过膀胱粘膜吸收到血流中的造影剂和随后的过敏反应的超敏反应。膀胱穿孔极为罕见。如果使用喂食管作为导管，则在获得尿液后不应超过1-2厘米; 它可能会被打结并且难以移除。