结肠镜检查可对直肠、结肠及部分末端回肠进行检查和处理，它不仅是一种诊断工具也可以用于治疗。进行高质量的结肠镜检查需要理解和掌握相关的知识和操作技能。美国胃肠内镜学会(American Society of Gastrointestinal Endoscopy, ASGE)/美国胃肠病学会(American College of Gastroenterology, ACG)内镜质量联合小组提倡实行以下结肠镜检查操作前、操作中以及操作后的质量指标：

操作前—必须注意以下一般问题：及时的日程安排、合适的患者准备、有针对性的病史询问及体格检查、出血风险评估、评估选择适当的镇静方法以及镇静开始前的医疗组再次核对等。根据患者的危险因素(如结直肠癌家族史、既往腺瘤性息肉、遗传性结肠癌综合征或炎症性肠病)，了解适当的适应证和推荐监测间隔时间也十分重要。最后，必须向患者详细说明结肠镜检查相关的风险并获得知情同意。

操作中—完成高质量结肠镜检查需要对整个结肠黏膜进行仔细观察。达盲率、退镜时间、腺瘤检出率等指标可作为观察是否仔细的替代标志，但其实这些指标都不够全面。此外，高质量的结肠镜检查还需要适当获取组织(如炎症性肠病的监测活检)以及内镜切除所有小于2cm的息肉。切除大于2cm的息肉可能需要特殊的内镜技能。

操作后—必须对操作前肠道准备质量以及操作中的检查所见进行及时、完整、准确的记录(包括文字报告及内镜照片)，并明确说明随访推荐意见。必须记录结肠镜检查过程中取出的组织样本。应审查病理检查结果，并将结果和推荐意见告知患者及转诊医生。最后，应有追踪操作并发症的相关系统。