与传统的内窥镜活检取样相比，EMR的优势在于获得合适的组织学标本以分期疾病并确定进一步治疗的需要。如上所述，通过常规内窥镜方法获得的活检标本具有有限的尺寸和深度，并且包括由组织压缩产生的伪影。在活检标本的组织学检查中通常不能看到粘膜内和粘膜下癌之间的差异。EMR提供了足够面积和深度的样本，可以从中进行准确诊断。整体通过EMR或ESD获得的切除术可以比侧面切除术更好地评估侧向边缘。可以通过进一步的内窥镜治疗来控制切除区域的正侧向边缘。然而，渗透到粘膜下层的阳性，深边缘可能是食管切除术的指征。

同样，必须强调确保组织病理学分析由具有Barrett食管病理学经验的专家胃肠病理学家进行的重要性。诸如肌层粘膜重复的因素（Barrett上皮的共同特征）可能有助于误诊入侵深度。淋巴管受累的证据与食管鳞状细胞癌淋巴结转移风险增加有关。将这一发现外推至腺癌表明，淋巴管受累的组织学证据可用于癌症风险的分层。

关于是否应该使用定性或定量指标来确定肿瘤浸润深度存在一些争议。与通过食管切除术获得的全厚度标本不同，内窥镜切除的组织可能不包括整个粘膜下层的样本，并且标本本身受到收缩和拉伸的伪影。粘膜下层（sm）可以定性地分为三层 - sm1，sm2和sm3，其中sm1指示“浅表”的粘膜下侵入。食管浅表粘膜下层的定量经验截止值为200μm。无论是使用定量还是定性方法，都应以某种方式评估粘膜下层浸润的深度。一项研究表明95％的患者完全缓解Barrett食管（n具有低风险粘膜下腺癌病变（sm1，中度至高度分化，无血管侵犯，I型或II型内镜病变），经内镜切除术治疗，有或没有额外的消融治疗。然而，内镜下切除食管腺癌并伴有浅表粘膜下浸润的经验是有限的，内镜治疗这些病变的作用尚未确定。