使用回肠镜检查的结肠镜检查允许对直肠，结肠和回肠末端的粘膜进行直接可视化和活组织检查。前瞻性研究表明，结肠镜检查与回肠镜检查是一种安全的手术，IBD患者的不良事件发生率较低。3对IBD患者进行内镜手术的相对禁忌症包括严重的结肠炎和中毒性巨结肠。除非禁忌，否则在初步评估提示IBD的临床表现的患者期间，应始终进行完整的结肠镜检查以及回肠末端插管。基于磷酸钠的肠道清洁方案和非甾体抗炎药（NSAID）使用，必须在考试前气馁，因为两者都可以引起粘膜改变模仿IBD。理想情况下，在初始内镜评估期间，应从整个检查肠道的5个部位（包括回肠和直肠）取至少2个活检标本。

患有其他colitides的患者可以具有类似于IBD观察到的临床表现和内窥镜特征。这些colitides包括感染性结肠炎，药物诱发的结肠炎，缺血性结肠炎和与憩室病相关的节段性结肠炎。单独的内窥镜检查在区分IBD和非IBD colitides方面的价值是有限的，并且通常需要额外的临床和组织学数据。

在开始治疗之前从指数结肠镜检查中获取详细信息对于区分CD和UC是重要的。治疗一旦开始，可能会掩盖CD与UC的区别特征，例如节段性结肠炎，炎性变化的斑片状分布和直肠保留。与CD而非UC相一致的最有用的内窥镜的特征是跳跃病灶（节段性肠炎），直肠备用，回肠末端的参与，瘘管道的内部开口的标识，和肛门或肛周疾病。提示CD的其他内镜特点包括口腔溃疡，深溃疡，匐行性溃疡和鹅卵石。严重疾病在UC中很少见，应该增加CD或恶性肿瘤的可能性。但是，这些内窥镜功能都不是CD或UC特有的。提示UC的内窥镜特征包括肛管附近的弥漫性和持续性炎症，粒度，正常血管模式的丧失，脆性，浅表溃疡和分界线，其被描述为正常和异常粘膜之间的突然过渡。结肠炎的近端范围。

Ileoscopy对于区分真正的CD回肠炎和UC与反洗回肠炎是至关重要的。后者表现出固有层的轻度混合炎性浸润，没有隐窝扭曲，萎缩或上皮变化。反冲洗回肠炎发生在至多UC患者全结肠炎25％。有利于反回肠炎内镜功能包括轻度发炎回肠的短的，连续的段，而不狭窄，狭窄，或显著溃疡，其中炎症似乎是在盲肠的结肠炎的延续。有利于CD回肠炎的特征包括广泛的炎症，没有全结肠炎的炎症，斑片状炎症，比盲肠炎症更严重的炎症，以及离体回肠或末端回肠或回盲瓣的狭窄。

在UC的情况下，在结肠右侧正常的阑尾口（盲肠贴片或睫状体周围贴片）周围的炎症改变的发现不应被误诊为CD。一盲肠贴剂的临床意义是不明确的，并且两个前瞻性和回顾性研究表明，与那些没有盲肠补丁相比，UC患者谁拥有盲肠补丁有缓解，复发和近端延伸的相似率。

结肠镜检查与其他诊断方式一起，可以在大约90％的患者中区分CD和UC。例结肠疾病不能被分类成的IBD的两种主要形式中的一种被定义为具有IBD，型未分类（IBD-U）。对于接受结肠切除术并且在切除标本的病理学评估后仍未分类的患者，保留了不确定性结肠炎这一术语。在350多个IBD患者的前瞻性研究随访>22个月，指数结肠镜检查是在案件的89％来自UC区分CD准确。在其余患者中，诊断率修正为4％，而7％继续被归类为IBD-U。在一项针对843例IBD患者的多中心，基于人群的随访研究中，其中739例患者可获得5年全年随访的临床数据，最初归类为UC或CD的患者中只有9％的患者诊断发生变化。被认为是在反射分类标准的变化。在各种儿科研究中，IBD-U的患病率范围很广（5％-30％），

粘膜活检是疑似IBD患者内镜评估的重要组成部分，可能是区分IBD与结肠炎其他原因的必要条件。由于IBD是一种慢性疾病，慢性炎症的组织学特征可以帮助做出诊断。虽然没有单一病理学标准，即可以明确建立IBD的诊断，活检标本用于从UC区分CD和用于从其他colitides，如急性自限性区分IBD临界结肠炎。

在初始诊断内镜评估期间，应从患病和正常出现的粘膜获得标本。从不同的位置活检标本应单独标记。表明慢性的特征包括结构扭曲，基底浆细胞增多，固有层细胞增多，幽门腺化生和结肠左侧的潘氏细胞化生。跳过宏观和微观上正常黏膜的区域支持CD的诊断。虽然上皮样肉芽肿的存在提示CD，肉芽肿不是CD的特征，并且可以在其他疾病如UC中发现，与隐窝损伤，结核，真菌和细菌感染，转移性结肠炎，结节病和异物反应有关。仅肉芽肿固有层，不与隐窝损伤相关，支持CD的诊断。内镜活检标本的肉芽肿检出频率为13.6％至55.6％。可以被当活检标本从溃疡和糜烂口疮的边缘截取实现肉芽肿的更高的检测率。

在UC中，内窥镜炎症的程度可分为直肠炎，左侧结肠炎（脾弯曲远端的炎症）或广泛性结肠炎。（脾曲线附近的炎症）。该分类系统得到经修订的“蒙特利尔分类”的支持。直肠炎或左侧结肠炎的宏观近端延伸部发生成人UC患者中大约20％至50％。 但是，由于没有内窥镜炎症的可能不一定与不存在组织学炎症相关。与组织学相比，结肠镜成像可低估疾病的程度。与UC儿童的80％以上具有初始结肠镜检查期间广泛炎症。获得粘膜活检标本可能是确定发炎结肠程度的必要条件，这反过来可以帮助确定预后，指导适当的内科和外科治疗，并对发育异常的风险进行分层。