怀孕被认为会增加结肠镜检查的风险。由于数据不足，无法在怀孕期间进行结肠镜检查指南。报告的最大系列包括在怀孕期间进行的八次结肠镜检查。在这项研究中，6名患者在结肠镜检查后分娩了健康婴儿。一名患者与结肠镜检查无关，另一名患者选择性流产。

一般而言，结肠镜检查可考虑用于妊娠期间严重危及生命的病症，其中唯一的替代方案是结肠手术或怀疑结肠癌。该程序最好在医院环境中进行，而不是在医生办公室进行。延迟监测结肠镜检查以确定癌症或息肉的早期病史，腹痛或排便习惯的变化，直至产后期。

结肠镜检查的其他相对禁忌症包括已知或疑似结肠穿孔，中毒性巨结肠，暴发性结肠炎或溃疡形成的严重炎症性肠病; 这些情况会增加穿孔的风险。