内镜括约肌切开术的主要适应症包括：

提取胆总管（CBD）结石

治疗乳头状狭窄或I型（伴有扩张型CBD的肝脏生化标志物升高）Oddi括约肌功能障碍

促进内镜治疗（例如，支架置入，组织取样和狭窄扩张）

内镜下括约肌切开术已与内镜下球囊扩张联合用于治疗胆总管结石。 

内镜下括约肌切开术已被用于治疗可能归因于III型（没有升高的生化标志物或CBD扩张）Oddi括约肌功能障碍的胆囊切除术后腹痛。然而，EPISOD（评估Oddi功能障碍括约肌中的预测因子和干预）研究评估了103例此类患者很少或没有胆道梗阻的客观证据，发现在这种情况下内镜下括约肌切开术并不比假治疗好。