IBD的两种主要形式（即，克罗恩病和溃疡性结肠炎）可能涉及结肠，但是它们通常可以基于胃肠道上部受累而彼此区分。正确的诊断可以为治疗决策提供信息，例如选择对治疗难治的个体进行手术而不是积极的医疗管理。

克罗恩病影响大多数人的小肠; 在30％的患者中，该疾病仅限于回肠末端。这种诊断的传统方法涉及食管胃十二指肠镜检查，回肠结肠镜检查和放射线照相术; 与胶囊内窥镜检查不同，这些研究在评估空肠和近端回肠的能力方面受到限制。钡研究对早期病变的检测不敏感，传统内镜检查仅限于远端和近端肠。

当用于评估IBD，胶囊内窥镜允许其它形式的内窥镜的领域病变（例如，小肠糜烂和溃疡）的可视化 或射线照相术 不会显现。胶囊内窥镜检查可以定位和定义IBD的范围和活动。

前瞻性研究表明胶囊内镜可用于诊断克罗恩病（见下图）。 在认为具有克罗恩病与小肠受累患者中，胶囊内窥镜可以提供比灌肠更高的诊断率。 

克罗恩病，线性溃疡。

在一项针对21例症状与IBD一致的小型研究中，典型的上下内窥镜检查结果和典型的钡放射学检查结果，胶囊内镜检查能够检测出43％与IBD一致的结果。

一项荟萃分析比较胶囊内镜与其他方式的诊断率（如钡研究，结肠镜检查，回肠镜检查，计算机断层扫描[CT]肠造影或肠内分析，小肠磁共振成像[MRI]），发现胶囊内镜检查在诊断非小肠克罗恩病的复发方面具有优势。  对于疑似克罗恩病患者的初步诊断，观察到产量提高的趋势，尽管差异无统计学意义。

一项荟萃分析比较胶囊内镜，磁共振成像（MRE）和小肠肠造影超声（SICUS）的准确性，用于检测疑似或确诊克罗恩病患者的活动性小肠炎症，发现三种方式具有相似性诊断产量。 胶囊内镜优于关于检测近端小肠疾病对MRE，虽然有被认为是胶囊保持的风险。

因为确定的IBD诊断标准依赖于组织学检查，胶囊内窥镜检查中可见的宏观异常可能不足以进行明确诊断。然而，在胶囊内窥镜检查中可见的许多小肠病变位于具有活检能力的工具无法可视化的区域中。