与开放性甲状腺和甲状旁腺外科手术一样，最严重的并发症之一是复发性喉上神经损伤。因此，在手术过程中识别和仔细解剖这些结构至关重要，特别是如果在识别异常腺体方面存在任何不同之处。其他并发症包括血肿或血清肿，术后低钙血症，未能纠正甲状旁腺功能亢进和高钙血症，以及未来需要进一步的手术。

与任何外科手术一样，出血和感染是潜在的并发症。因为经口腔甲状旁腺切除术是一种清洁污染的过程中，有感染的风险增加，尽管病例报告还没有记录围手术期的感染或脓肿这种技术 。

其他一些并发症是这种手术方法所特有的。如果口腔前庭切口放置不当，精神神经有受伤的风险。子宫内囊袋的产生和CO 2 吹入的使用引起皮下气肿，纵隔气肿或两者的潜在可能性。虽然根据目前的文献，这种子宫下口袋也可能增加术后血肿或血清肿的发生率，这似乎是一种罕见的并发症。