肝活检结合病史和体格检查数据，是诊断和治疗肝病的有力临床工具。根据临床问题的类型划分获取活检标本的指示如下：

评估肝脏实验室检查结果异常

确认诊断和预后

疑似肝脏肿瘤

诊断 胆汁淤积性肝病

评估浸润性或肉芽肿性疾病

在一例 肝移植后评估和管理排斥反应

评估不明原因的 黄疸或疑似药物反应

活检标本可用于识别或排除物理或实验室异常的可能病因。尽管各种疾病状态可能类似地存在，但是当在临床表现的背景下使用时存在诊断组织学模式。例如，由于酒精滥用，丙型肝炎，糖尿病，肥胖或其组合引起的疾病可能存在脂肪对肝实质的浸润。对于每种疾病状态，存在区分彼此的组织学线索。

肝脏活组织检查在确定引起全身性感染的生物体中起很小作用，因为血液培养通常是显而易见的。值得注意的例外是肝内结核和鸟分枝杆菌复合体（MAC）。

活组织检查的另一个指征是确定活检标本中存在的组织学变化程度。这涉及对病理学家注意到的炎症和纤维化程度的评分系统。存在许多用于描述微观发现的系统，范围从简单到复杂。大多数评分系统报告炎症程度作为疾病的等级和作为阶段的纤维化的量。这里的一个例子是在肝硬化（4期）肝脏的标本中发现中度炎症（3级）。

第三组适应症是监测疾病进展或治疗效果。例如，肝脏活组织检查标本经常用于评估和治疗肝移植后的排斥反应。重复活组织检查不常用于监测疾病的进展，如原发性胆汁性肝硬化，慢性丙型肝炎，或酒精性肝病。