术中并发症包括胰腺，血管，结肠，胃和膈肌损伤。这些均报道了开腹和腹腔镜脾切除术。

术后早期并发症包括肺部并发症（肺不张肺不张），膈下脓肿，肠梗阻，门静脉血栓形成，血小板增多症，血栓性并发症和伤口并发症（血肿，血清肿和伤口感染）。

术后晚期并发症包括脾脏病和绝大多数的脾切除术后脓毒症（OPSS，也称为压倒性的脾切除术后感染[OPSI]）。

一些证据表明脾切除术与慢性血栓栓塞性肺动脉高压的后续发展有关。可能是因为网状内皮细胞清除减少导致脾切除术后微粒水平升高; 循环微粒水平增加与血栓栓塞和肺动脉高压有关，呈剂量依赖性。

不再推荐脾脏的自体移植。尽管脾脏残余物存活，但由于正常解剖学血管形成的破坏，包封细菌的充分吞噬作用丧失。