当患者患有涉及颈部食管的已知肿瘤或涉及颈部食管或下咽部的其他可纠正的粘膜疾病时，禁止使用环咽肌切开术。对于经历头颈癌放射治疗的患者，环咽肌切开术也相对禁忌，因为环咽可能是纤维化的，并且在切片时不易释放。其他作者认为，对于进行性神经系统疾病如延髓麻痹的患者，环咽肌切开术相对禁忌。

传统上，环咽肌切开术被认为在眼咽肌营养不良的情况下提供有限的成功。然而，最近的数据表明，手术后数年可以有效，3年内可以接受复发性吞咽困难的可接受率。 最后，在显着的胃食管反流病（GERD）的情况下，环咽肌切开术也可能是相对禁忌的。虽然这是有争议的，但是大量反流可能使患者易患重大的咽喉炎和随后的发音困难。