进行膈肌起搏以在两个主要临床情况下提供通气支持：

中央肺泡通气，或者更好地称为睡眠呼吸暂停

高脊髓麻痹，其中仍然存在呼吸驱动，但脊髓损伤阻止了膈神经的刺激

这两种情况占隔膜起搏的大多数情况。 

另一种尽管罕见的使用膈肌起搏是治疗顽固性呃逆的患者。使用膈肌起搏的其余患者组由严重COPD患者组成。在这些个体中，通过施用任何量的氧来减少缺氧刺激。

对于膈神经无功能的患者，禁用膈肌起搏。这些患者包括对神经有严重创伤性损伤的患者，有神经肿瘤的患者，以及大多数患有神经病的患者。此外，对于具有隔膜本身不起作用的病症的患者，隔膜起搏是禁忌的。