许多神经外科医生最近使用神经内窥镜来辅助“传统的”颅底显微外科手术。内窥镜已被报道为前颅底手术，后颅窝入路和动脉瘤手术中显微镜的有用辅助手段。微观方法使得解剖结构在直线上可见，具有高分辨率，出色的色彩保真度和立体视觉的巨大优势。对于“拐角处”工作，内窥镜用于减少收缩和颅底钻孔。

在内窥镜辅助显微外科手术中，由于更好的图像质量，大多数手术是在微观视图下进行的。然而，在某些步骤中使用内窥镜方法。内窥镜主要用于环视骨或硬脑角以及神经血管结构，以避免收缩和广泛的颅底钻孔。通常，内窥镜只是徒手用于检查。然而，当需要双手解剖，内窥镜被固定到自保持保持装置，并且外科医生提供免费进行操纵双手）。

内窥镜辅助技术已被证明可用于肿瘤（垂体肿瘤，颅咽管瘤，听神经瘤，表皮样），动脉瘤夹闭和三叉神经微血管减压的颅底手术）。