由于新的碎石术技术和口服化学溶解剂（例如柠檬酸钾）的出现，这种疗法现在在本质上是辅助疗法。尿酸和胱氨酸结石的化学分解特别有效。碳酸氢盐溶液产生足够的碱化作用，以溶解尿酸残渣，而三-（羟甲基）-氨基甲烷（THAM）和Mucomyst（N-乙酰基半胱氨酸）的组合用于胱氨酸结石。肾镜取石术之后，将经皮导管留在收集系统中，并用于滴注和排出冲洗液，冲洗液用于溶解和冲洗残留的碎片。

为了限制风险，应使用双导管系统。这使得能够同时滴注和排出。应结合使用导管。一个人可以使用2个分开放置的肾造口术导管或输尿管导管与肾造口术管结合使用。冲洗导管应放置在靠近石头的地方，以确保将石头充分暴露于冲洗液中。在感染尿液的情况下，不应使用灌注疗法，因为这可能导致败血症。标准流速为100-120 mL / h。在线压力计可用于测量和维持低（<20厘米水柱）的肾内压力。当使用诸如Renacidin之类的冲洗剂溶解传染性基质碎片时，此功能特别有用。石头溶解所需的时间取决于石头的负荷和组成。灌溉可能在几天内溶解（即，用尿酸溶解），或者可能需要数周时间（例如，用胱氨酸或鸟粪石溶解）。通常，可以预期每月1厘米。

可以使用的冲洗剂包括用于尿酸结石的碳酸氢钾或碳酸氢钠；D-青霉胺，N-乙酰半胱氨酸或氨丁三醇-E溶液用于胱氨酸结石；或鸟粪溶液（G或M）或半酸（Renacidin）用于鸟粪石或磷灰石。

Renacidin冲洗剂专门用于传染性基质结石，可用于清除PCNL后残留的碎屑。使用这种冲洗剂时必须小心，因为高的肾内压力可能会导致无意的血管吸收并导致随后的高镁血症。在线压力计并注意保持较低的肾内压力（水<20 cm）有助于防止这种并发症。