上尿路上皮病变的常规治疗是基于根治性开放手术，即肾结直肠切除术和膀胱套囊切除术或部分输尿管切除术。对于合并症严重，双侧肿瘤或单肾的患者，可以选择保留肾脏的手术。内窥镜治疗是通过输尿管镜或经皮途径进行的。电灼和/或激光能量以类似于标准膀胱膀胱电切术的方式用于肿瘤切除和/或凝结。术后，可通过肾造口管或输尿管导管滴注局部化疗药物（如丝裂霉素C，硫替太帕）以降低复发率。尽管安全，但这种即时辅助局部治疗的有效性的确认尚待大规模试验的结果。

逆行输尿管镜术比经皮内镜治疗更受青睐，因为它具有较小的侵入性并且避免了经皮管道播种的可能性。在肿瘤负担大的特定病例中，成熟的肾造口术可能有助于促进清除。两种治疗方式的成功都取决于当前的肿瘤分级和分期。低度尿路上皮肿瘤与这些治疗的最佳结果相关。需要严密的终生内窥镜检查以发现任何复发。