通过连续心内膜心肌活检监测心脏排斥。然而，这不是评估肺排斥的令人满意的方法，因为2种类型的排斥可能不一致地发生。当存在肺野中的放射照相变化时，可能认为拒绝。检查支气管肺泡灌洗液的细胞含量是一种合适的监测方法。

如果建议拒绝但未确认，则仍会开始治疗。治疗包括类固醇脉冲（甲基强的松龙500-1000毫克/天，3-5天），单克隆抗体治疗或多克隆抗体治疗。心脏排斥以类似的方式治疗。

植入反应是顺应性，气体交换和肺血管阻力的瞬时和可逆的恶化。它通常在手术后立即发生，并持续长达1周。该过程的病因是多因素的，包括淋巴破坏，缺血 - 再灌注损伤，去神经支配，手术创伤，液体超负荷和保存不足（仅举几例）。

保存技术的改进，加上明智的术后利尿，可以改善肺功能并解决问题。

移植的肺极易受伤和感染。早期动员患者和积极的肺部治疗可以减少术后并发症。供体和受体气管的细菌培养可能表现出潜在的病原体并指导适当的预防。通过仔细记录患者的暴露情况并获得用于培养的支气管肺泡灌洗标本来确认诊断。

巨细胞病毒（CMV）感染是一种特殊的危害。感染可以是由免疫抑制引起的受体疾病的再激活或由供体组织，输血血液或其他来源引起的从头感染。放射学上，弥漫性网状浸润出现在肺野中。如果没有开始积极治疗，该过程会迅速进入呼吸衰竭和死亡。对于预防，患者通常开始使用更昔洛韦5 mg / kg /天; 对于治疗，使用相同的药物和剂量。

根据暴露情况，可能会发生晚期病毒，真菌和细菌感染。对患者活动和暴露的警惕和仔细的历史记录通常为感染因子和指导治疗提供有价值的线索。诊断和治疗必须迅速。

移植心脏冠状动脉的同种异体移植血管疾病和移植肺的闭塞性细支气管炎仍然是晚期移植物衰竭和死亡的主要原因。在冠状动脉中，发生同心肌内膜增生; 在肺部，鳞状上皮化生和细支气管的纤维替代发展。在这两种情况下，这个过程都是渐进的。

该过程的病因仍然是难以捉摸的。目前的研究表明，同种异体移植物的初始缺血再灌注损伤，以及反复的排斥反应，可能起到一定的作用。迄今为止，唯一可用的疗法是再次移植。