NOTES的工作方式与使用上内窥镜或结肠镜的任何内窥镜手术相同。迄今为止的大多数研究都采用了经胃途径，将内窥镜通过口腔进入胃部，然后穿刺胃壁，并通过球囊扩张初始穿刺或做出更大的切口。通过该孔或切口，内窥镜进入腹膜腔。

应该注意的是，如果在内窥镜检查期间无意中进行，则在胃肠道衬里的任何部分中穿孔被认为是严重的并发症。当我第一次开始探索NOTES程序的可能性时，它需要一个巨大的心理上的飞跃来故意创造这种“并发症”。但是，随着研究的完成和经验的积累，它更容易概念化。此外，随着频率的增加，进行内窥镜粘膜切除并发现穿孔的胃肠病学家通常可以使用内窥镜施用的夹子非常成功地闭合它。该技术使胃肠病学家胆大妄为，认为在大多数手术中有可能有意识地创建一种安全且技术上可用于治疗程序的穿孔。

一旦内窥镜处于腹膜腔中，可以想象可以执行外科医生可能对腹腔镜或通过开放手术进行的任何干预。在霍普金斯大学，我们使用标准内窥镜进行了外科手术，包括胃十二指肠镜检查，输卵管结扎术和疝修补术。其他研究者已做胆囊切除术或切除胆囊，切除子宫，并切除输卵管。最终，利用这些技术可以执行什么没有界限。