Nissen（完全）胃底折叠术通常被认为是安全有效的，死亡率低于1％，并且许多最常见的术后并发症通过现在更常用的部分胃底折叠术程序被最小化或消除。研究表明，10年后，89.5％的患者仍无症状。

并发症包括“气胀综合征”，吞咽困难（吞咽困难），倾倒综合征，过度瘢痕，迷走神经损伤以及很少发生贲门失弛缓症。胃底折叠术也可以在约5-10％的病例中随时间推移，导致症状复发。如果症状需要重复手术，外科医生可以使用Marlex或其他形式的人造网来加强连接。术后肠易激综合征可持续约2周。

在“胃胀综合征”中，胃底折叠术可以改变胃的机械能力，通过打嗝消除吞咽的空气，导致胃或小肠中的气体积聚。数据有所不同，但在多达41％的Nissen患者中可能出现一定程度的气胀，而患有部分前胃底折叠术的患者则出现这种情况。 气胀综合征通常在2至4周内自行限制，但在某些情况下可能持续存在。令人不快的气体也可能来自饮食来源（特别是碳酸饮料），或无意识的吞咽空气（气体吞咽））。如果术后气胀综合征不能及时解决，则可能需要通过内镜下球囊扩张术[ 需要引证 ]或重复手术将Nissen胃底折叠术修改为部分胃底折叠术来进行术后气胀综合征并未及时解决，饮食限制，气体吞咽咨询和矫正。

呕吐有时是不可能的，或者如果不是，在胃底折叠术后非常疼痛，这种并发症的可能性通常在手术后的几个月内减少。在某些情况下，此操作的目的是纠正过度呕吐。然而，当其目的是减少胃反流时，呕吐困难可能是不希望的结果。最初，呕吐是不可能的; 然而，在包裹物随时间稳定后可能产生少量呕吐物，并且在诸如酒精中毒或食物中毒的极端情况下，患者可能能够在一定程度的疼痛下自由地呕吐。近年来结果有所改善，特别是在最熟练和最成功的诊所。