灵活的膀胱镜而不是刚性膀胱镜通常用于诊断性膀胱镜检查。灵活的膀胱镜具有出色的光学性能，可在膀胱镜检查期间提高患者的舒适度，尤其是在办公室环境中进行时。还经常进行仔细的尿道镜检查，以评估尿道括约肌机制的结构和功能，并排除尿道病变。

灵活的膀胱镜用于评估膀胱和尿道的解剖结构。与刚性膀胱镜相比，灵活的膀胱镜对患者来说刚性较小且更舒适。

通常，患者位于背痛切开位置，制备生殖器并以无菌方式覆盖，并且将大量润滑剂施加到尿道口和膀胱镜。根据美国泌尿学会关于抗菌药物预防的指南，所有患有手术感染风险因素的患者应在单纯膀胱尿道镜检查前接受抗生素预防。 同样，所有接受膀胱尿道镜检查且任何形式干预的患者也应进行预防。

然后打开冲洗液并将膀胱镜小心地插入尿道口。小心地借助于直接可视化以无损伤的方式通过尿道插入窥镜。一旦膀胱颈被横穿并且膀胱进入，则可以排出膀胱尿液或尿液以进行培养和分析。然后用滴入适量的冲洗液进行膀胱的系统检查，并且应包括通过范围弯曲检查膀胱颈和膀胱穹顶。应注意寻找膀胱病理学（例如，粘膜病变，异物，膀胱壁的结构变化，憩室或瘘管的开口）。输尿管口应双侧确定。

在圆满地检查膀胱后，应再次开始冲洗以便于尿道检查。范围应逐渐通过膀胱颈和尿道撤回，注意观察尿道粘膜和结构，因为管腔塌缩超过范围的末端。可以进行评估括约肌功能的操作，例如Valsalva和自主括约肌收缩。然后应清洁患者，取下手术单，如果需要，应将患者带到最近的卫生间以使其无效。